總基因體學技術可以應用在多種不同領域,如腸道菌相、皮膚菌相、環境土壤菌相等。可以分析傳統培養分析的盲點,以宏觀的角度分析菌相變化,也可以分析以往無法培養的菌群,隨著次世代定序技術的成熟,在目前文獻研究中已有許多重大發現,是目前微生物領域中新興的熱門研究題材。