//DNA甲基化分析

DNA甲基化分析

EpiTYPER DNA 甲基化分析原理

包含四個反應步驟:Bisulfite conversion、PCR、MassCLEAVE (T7-IVT and Base-specific RNA cleavage)及Mass detection。

  1. Bisulfite conversion 後,未甲基化之 C 將被轉換成 U,而甲基化的C鹼基將維持 C 之型態。
  2. 經 PCR 反應增幅時,所使用的 reverse primer 因帶有 T7 RNA polymerase promoter 序列,此時 T7 RNA polymerase 可利用此序列進行 in vitro transcription 合成出 RNA,並同時將序列中的 CTP 置換成為 dCTP。
  3. RNA 產物再由 RNase A 進行 Base-specific cleavage。RNase A 能截切 RNA 序列中的 C 與 U 的位置,由於 CTP 已事先置換成 dCTP,因此RNase A 將只會專一性的截切 U 之位置。
  4. 整個序列通常會被截切成數十個片段,片段中如果帶有 CpG site,會因為甲基化狀態出現出兩種序列 ( GC 或 AC ),此兩種序列分別表示甲基化或者是未甲基化的DNA。在質譜分析可以觀察到兩種序列為分子量大小相差 16Da 的訊號,根據訊號波峰面積比率即可推算出該 CpG site 甲基化比例。

特色與優點:

  • 質譜偵測技術提供精準的甲基化定量結果
  • 分析數據CV< 5%,定量線性範圍5%~95%
  • 單一反應最長分析達600bp之區域
  • 不需定序、可快速分析
  • 優異的花費效益與樣本容載率

分析服務流程與方式:

  1. 客戶準備序列資訊
  2. 本公司進行Primer設計與實驗評估,並寄送設計結果報告
  3. 客戶根據設計的primer序列進行PCR測試
  4. 客戶提供成功的膠圖結果給本公司評估是否可進行實驗
  5. 客戶準備Bisulfite PCR產物送件
  6. 本公司進行後續實驗分析
  7. 產出結果報告

分析服務檢體需求:

接受檢體形式 : Genomic DNA/Bisulfite PCR產物
適用檢體 : Blood/FFPE gDNA
最小分析單位 : 24 reactions
總需求量: 2μg gDNA/10μl Bisulfite PCR產物

附件下載:

EpiTyper分析服務簡介
EpiTyper設計結果報告範例
EpiTyper報告呈現資料
2017-12-05T16:35:37+00:00 2017 / 10 / 13|醫療資訊|