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總基因體分析

總基因體分析 Metagenomics

針對16S rRNA變異區進行定序,可分析各類型直接採樣樣本,如臨床體液、土壤或者是食品等,可以應用在分析腸道菌相、皮膚菌相及環境土壤菌相等多種不同領域。以宏觀的角度分析菌相變化,突破傳統培養分析的盲點,也可以分析以往無法培養的菌群,隨著次世代定序技術的成熟,在目前文獻研究中已有許多重大發現,是目前微生物領域中新興的熱門研究題材。

我們的分析服務一個樣品有至少10萬筆 illumina NGS reads,進行分類學上界、門、綱、目、科、屬、種不同層級的分析,可以精確了解已知微生物的量化組成與未知微生物比例 ,且我們提供完整的分析服務流程,從取得DNA後到定序分析以及後續比對分析,您可取得一份完整的比對報告,讓您可以容易的進行總基因體學研究分析。

總基因體技術原理

總基因體分析以16S rRNA gene variable region定序方式,進行樣本的總菌相分析,先以16S rRNA 高度保留區序列引子進行總菌群的序列擴增,再將擴增產物接上adapter建置成文庫 (library),將此文庫進行次世代定序,再使用定序數據進行比對分析,使用RDP Classifier以GreenGenes資料庫進行分類,可以分類至species層級,定序讀數也可反應樣本中菌量比率。

總基因體分析服務流程與方式

  1. 實驗諮詢與樣本確認
  2. 客戶提供DNA樣本
  3. 文庫製備與定序分析
  4. 數據分析取得報告

總基因體分析檢體需求

檢體形式 : 樣本萃取DNA
檢體品質要求 : OD 260/280 ratio 1.8~2.0
檢體量需求 : 20ng/μl,需20μl

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Service Brochure
2017-11-30T18:23:58+00:00 2017 / 10 / 12|醫療資訊|